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高通量测序可追踪葡萄病毒的历史传播

高通量测序(HTS)引入的新技术每年都会发现90种病毒,并且每年发现新的病毒物种。在过去的十年中,HTS用于病毒鉴定(病毒基因组的组合),进而帮助植物病理学家进行未来的研究。

来自法国的一组科学家使用系统的数据挖掘来收集有关两种葡萄毛滴虫病毒,葡萄灰皮诺病毒(GPGV)和葡萄浆果内部坏死病毒(GINV)的信息。他们能够捕获来自世界各地的新的完整病毒基因组。他们使用自己的HTS数据集并利用全球HTS数据库收集了这些信息。这些汇总的信息有助于揭示这两种对葡萄栽培构成新威胁的新兴病毒的进化历史。

他们的工作表明,GPGV和GINV最有可能起源于亚洲。GPGV于1950年代或60年代引入欧洲,并在1980年代和90年代从那里转移到南美洲和北美洲,这是因为越来越多的土地投入到葡萄酒工业中。有趣的是,GPGV的所有洲际运动似乎都是在2012年意大利发现并鉴定出该病毒之前发生的。

他们还发现,尽管这两种病毒密切相关,但它们在流行病学方面的成功差异也很大。他们假设,这种差异可能是由于对有症状的GINV进行了洲际转移而对材料进行了成功的检疫和控制措施的结果,阻止了它的扩散,而这些措施对GPGV无效,通常在葡萄藤上表现出异质症状。

该论文的第一作者让·米歇尔·希利(Jean-Michel Hily)说:“这项工作尚属首次,它重新定义了两种感染植物的病毒的全球进化史。”“尽管先前的研究显示了一些重要的植物病毒运动,但这些运动始终仅限于大陆地区,从未如我们的论文所述在世界范围内描述过。”

Hily还评论了HTS和其他建模工具结合的强大功能。“我们使用的程序为我们提供了一些国家和大洲之间病毒传播的日期,这些日期与世界各地的葡萄树的历史密切相关。”

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